Er liegt in einem Zungenbecken des ehemaligen Addagletschers, der sich vor der Alta Brianza in die Arme von Como und Lecco teilte. Daher hat der See heute seine charakteristische Form eines umgekehrten "Y". Der nördliche Arm beginnt bei der Stadt Colico, während die Städte Como und Lecco an den Enden des südwestlichen bzw. südöstlichen Armes liegen.

Der Comer See wird von der Adda durchflossen. Die Adda mündet bei Colico in den See ein und verlässt ihn bei Lecco, während der Comer Arm keinen Abfluss besitzt.

Durch das milde Klima gibt es eine reiche Vegetation. Der Comer See ist ein Touristenziel mit zahlreichen Kurorten und Parks. Auf der Westseite des Comer Sees liegt der Sacro Monte di Ossuccio, der 2003 in die Liste der Weltkulturerbe der UNESCO aufgenommen wurde.

Prominente Personen wie George Clooney, Adriano Leite Ribeiro oder Brad Pitt besitzen ein Feriendomizil am See.